El estilo barroco aparece en todo su esplendor en la Capilla del Pilar, con acceso desde el deambulatorio y ocupando el espacio de dos de las capillas románicas primitivas del transepto y de la propia girola. Se levanta en el solar que dejó libre el derribo de las capillas de San Andrés y de San Martín o San Fructuoso, ya que acogió la parroquia de esta advocación, hoy trasladada a la iglesia de la Quinta Angustia, en la parte de detrás del Palacio de Rajoy.
Con esta liberación de espacio en un punto tan importante del templo, cerca del altar mayor, la idea inicial del cabildo no era la de levantar una capilla, sino una nueva sacristía, grande y de cómodo acceso al lugar de la liturgia. Al frente de este cometido fue puesto Domingo de Andrade, quien trabajó en el proyecto desde 1696 hasta 1711, año en que su avanzada edad y delicada salud le hicieron pasar el testigo a su sucesor, Fernando de Casas.
En 1713, con el nuevo maestro de obras, el arzobispo Monroy consiguió que el nuevo espacio en construcción fuera una capilla, corriendo él con todos los gastos. Monroy murió en 1715 sin ver la obra terminada. Su monumento funerario, a la derecha de la entrada a la capilla, le representa con fiel naturalismo, arrodillado hacia el altar según el modelo que vemos en otros sepulcros, como los de la capilla del Cristo de Burgos. Tallado en mármol con ampulosos pliegues en sus telas, su rostro sereno y casi vivo es un fiel retrato del prelado. El autor fue Fernández Sande, quien también firmaría las imágenes de los retablos, salvo la titular, una Virgen del Pilar traída de Zaragoza y ante la que se postra un Santiago Peregrino también de mármol y con detalles dorados.
Las obras continuaron con el nuevo arzobispo, y no se terminaron hasta 1719. La compleja decoración de la capilla se demoró hasta 1723. Todo el espacio se anima con mármoles y jaspes, cuyos colores se complementan con algunos detalles pintados y dorados. Estos mismos materiales serían utilizados por Miguel de Romay para el retablo mayor, quizás trazado por el propio Fernando de Casas, puesto que recuerda en su desarrollo y motivos ornamentales a la parte central de la fachada del Obradoiro.
El remate del retablo enmarca un lienzo de Juan Antonio García de Bouzas, que representa, como ya hemos dicho, la milagrosa aparición en Zaragoza de la Virgen sobre el pilar a Santiago y sus discípulos. Este pintor fue también el encargado de los toques de pintura que completan la decoración de la capilla. La cúpula, decorada con motivos jacobeos – arcas, cruces de Santiago y conchas de vieira – así como con los escudos de Monroy entre hojas y frutas, se levanta sobre trompas que se convierten en enormes veneras con la cruz de Santiago en el centro, y cubre toda la rectangular capilla. El capulín con el que está rematada aporta luz a los coloridos materiales.
Desde la girola, se accede a la capilla del Pilar a través de dos rejas de bronce fundidas en 1721, cuyo diseño recuerda también a Fernando de Casas. Se encuentran prácticamente enfrente de los dos nichos que, al fondo de la capilla, flanquean el altar y cobijan sendas cajoneras diseñadas también por Casas. Sus maderas nobles, como ébano o caoba, y las incrustaciones de marfil y carey las convierten en dos de los muebles más importantes de todo el conjunto catedralicio.
