La Capilla de la Azucena o San Pedro, una de las pocas capillas de la Catedral que conservan casi intacta su arquitectura original románica, es precisamente una de las primeras que se levantaron. Una vez más, su denominación varía según el momento histórico o la fuente que se consulte, dadas las múltiples dedicaciones
Habitualmente, es conocida como “de la Azucena” por ser esta la imagen titular del retablo, pero también se la ha llamado “del Magistral” o “de doña Mencía de Andrade”, por el sepulcro que acoge. Su denominación más frecuente, no obstante, es la de Capilla de San Pedro, seguramente en relación con San Pedro de la Cerca, en alusión a la antigua muralla que tendría casi adosada en la primitiva iglesia de Santiago.
La documentación relativa a esta capilla no abunda hasta el siglo XVI, cuando se dijo que guardaba el cuerpo de San Silvestre y se reparó su caja. También cuando doña Mencía de Andrade patrocinó algunas obras que colocarían los cimientos de la sacristía abierta en su muro según trazas de Juan de Herrera, que trabajó también en el cierre del claustro por el oeste. La Sacristía fue terminada por el cantero Juan Andrés.
La comitente de las reformas, Mencía de Andrade, contrató su sepulcro aún en vida con el polifacético maestro Juan Bautista Celma, con el fin de ser enterrada en esta capilla. Corría el año 1582 y sería un sepulcro digno de la categoría de su autor. Doña Mencía, recostada sobre su costado izquierdo, reposa la cabeza sobre dos almohadas llevándose la mano a la cara, casi simulando estar plácidamente dormida en su lecho. En la otra mano, extendida sobre el manto, sostiene un rosario. Pero lo más llamativo está a sus pies, donde un perro acostado se gira atento hacia su ama.
Partiendo de modelos medievales, Celma nos legó una escultura funeraria de gran originalidad, belleza y sentido naturalista. El retablo mayor acoge la imagen titular de Nuestra Señora de la Azucena, y a San Pedro en el cuerpo superior. Los acompañan San José y San Judas Tadeo. Se trata de un retablo de buena factura que de nuevo sigue un diseño de Fernando de Casas, de 1731, materializado por Francisco das Moas. No es, sin embargo, el único retablo que acogió esta capilla, ya que tenemos constancia de que en la centuria anterior, concretamente en el año 1628, Bernardo Cabrera y Gregorio Español contrataron otro retablo hoy completamente perdido con este mismo destino.
Tampoco la reja que vemos hoy es la primera que cierra el paso a la capilla desde la girola. Si bien la actual data de 1571 y fue un encargo de doña Mencía de Andrade a Sadronín Fernández, quien se basó en el modelo de la vecina Capilla del Salvador, sabemos que en 1518 se había hecho reparar una reja anterior.
Los trabajos llevados a cabo en los últimos años del siglo XX en los muros de la capilla sacaron a la luz importantes restos de pinturas murales, y quizás se deban también al patrocinio de doña Mencía a finales del siglo XVI. Representan, en el tambor del ábside, a Santiago peregrino y la Conversión de Saulo. En las ventanas, podemos observar medallones y motivos ornamentales.
Preside el conjunto un San Pedro entronizado, hacia el que se dirigen en comitiva diferentes personajes, prelados y hasta un rey. Podemos identificarlos por sus ropajes de moda renacentista. Aunque en su conjunto se han conservado bastante bien como para apreciar la temática general, más de cerca muestran los daños ocasionados por el tiempo y el caleado posterior de los muros.